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Analyse du microbiote avec la technologie Nanopore : jusqu’à quel point l’identification à l’espèce est réellement possible?
2026-04-09 15 h 35 - 2026-04-09 15 h 55 (America/Montreal) (20 minutes)
Analyse du microbiote avec la technologie Nanopore : jusqu’à quel point l’identification à l’espèce est réellement possible?
Alexandre Thibodeau, Ph. D., professeur, Université de Montréal - Chaire de recherche en salubrité des viandes - Faculté de médecine vétérinaire (FMV)
Alexandre Thibodeau, Ph. D., professeur, Université de Montréal - Chaire de recherche en salubrité des viandes - Faculté de médecine vétérinaire (FMV)
M. Alexandre Thibodeau est professeur agrégé à la FMV de l'Université de Montréal, située au campus de Saint-Hyacinthe. Il fait partie de la Chaire de recherche en salubrité des viandes. Il y étudie notamment les pathogènes alimentaires et leur interaction avec le microbiote intestinal des animaux. 
RÉSUMÉ DE CONFÉRENCE
Pour les expériences de microbiote, la technologie Nanopore permet de séquencer tout le gène 16S, contrairement à la technologie Illumina. Ceci permettrait le classement des séquences à l’espèce. Ce projet compare deux outils bio-informatiques et leur capacité à bien classer les séquences, obtenues d’une communauté bactérienne artificielle, à l’espèce. L’étude démontre que les deux outils testés offrent des résultats drastiquement différents et qu’il faut être prudent avec l’assignation taxonomique des séquences et toutes les conclusions qui en découlent. Elle prouver aussi, encore une fois, l'absolue nécessité des communautés artificielles comme contrôle de séquençage et d’analyse bio-informatique.